Структура сучасного наукового біогносису, як і будь-якого наукового знання, характеризується наявністю двох рівнів пізнання: теоретичного і емпіричного.
На емпіричному рівні, де головними є методи спостереження, експерименту, порівняння та опису, дослідники намагаються розкрити зв’язки та відношення вивчаємих об’єктів у формі графіків, таблиць, рядів тощо.
Теоретичний рівень має за метурозбудову теорії, відтак дати систематизоване, узагальнене, внутрішньо несуперчливе і достовірне знання, розкриваючи внутрішньо необхідні зв’язки вивчаємих явищ. Але і в першому і в другому випадку дослідники спираються на певний образ біологічної реальності, котра у сучасній біології так чи інакше засадничо закорінюється у деяку сукупність фундаментальних методологічних принципів і категорій та їхніх структурних композицій, і які утворюють своєрідні „риштування” зведення будівлі теоретичних і практичних узагальнень. Нині переважна кількість методологів і філософів науки ведуть мову про таку головну роль у риштуванні біологічного знання як принципи дискретності, функціонального зв’язку, цілісності, відображення, еволюції, природного добору, системності та популяціонізму.
Якщо коротко спробувати схарактеризувати ці принципи, то можна сказати, що, скажімо, додержання вимоги дискретності у сучасній біології націлює на бачення перервно-неперевної природи органіки нашої планети крізь призму феномного сприйняття окремішного існування певних видів тварин і рослин (у генетиці це знаходить своє виявлення у постулаті про корпускулярну спадковість та конваріантну редуплікацію). Принцип функціонального зв’язку, що зародився в анатомії, ятрохімії та ятромеханіці, і є суттю фізіологічного підходу, потрібний в осмисленні організації біосистем. Принцип відображення або рефлексу, який сформульовано ще Р. Декартом, є важливим в аналізі життєдіяльності організмів в розрізі їх взаємодії з середовищем, особливо вищих організмів, які мають розвинуту нервову систему. Принцип цілісності, що визрів саме в науках про живе та породив течію голізму, націлює на бачення біооб’єктів і в їх внутрішній єдності та завершеності, а принцип еволюції, як і принципи природного добору та популяціонізму, просто не можуть бути відділені від біології і є іманентними щодо генези і організації біологічного знання.
Принцип природного добору показує як бувають і як можуть бути системно диференційованими живі об’єкти (його евристичність підтверджується виявленням селектогенезу й поза межами біології — в інших природничих науках, а також в економіці, інформатиці, семіотиці та ін.). А принцип популяціонізму, становлення якого відбувалось в еволюційній теорії, екології та генетиці, нині виявляє свою продуктивність навіть у розв’язанні проблеми універсалій у філософії.Разом з тим розвиток сучасного біологічного знання відбувається під знаком істотного переосмислення еволюційної парадигми, витоки якої сягають Ч. Дарвіна. Дарвінізм (і „синтетична теорія еволюції”, яка виростає з нього) нині — не просто одна з популярних і соціально значимих концепцій, а сприймається багатьма вченими як
„величне вчення”, що стало справжнім світоглядом, який претендує на єдино правильне пояснення як біологічної, так й антропологічної і соціальної еволюції (але, додамо, ще й як таке, що достатньо непримиренно ставиться до інших альтернативних поглядів). У нього чимало прихильників. Втім, як ми бачили вище, історично склалася і потужна тенденція супротиву класичному дарвінізмові як „єдино правильному вченню”. Щоб краще зрозуміти лінії опору звернемось до поширеного нині в історії та методології науки поняття „парадигми”, пов’язавши його водночас з методологічними наробками в галузі сучасної соціології науки та біофілософії.